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故事的主人公是高中生侦探——工藤新一
在一次与他的青梅竹马毛利兰到游乐场约会的时候，新一看到两个黑衣人进行非法交易，因为看的太入神。而被另一个黑衣人从后面击昏。那人乘机给他喂下犯罪组织新研制出来的毒药。结果新一虽然幸运的没有死，可是当他醒过来的时候居然变成了小孩的模样。
如果让黑社会组织知道新一还活着，就又会招来杀身之祸，也会连累到身边的人，所以新一只把事情告诉了邻居阿笠博士。为了得到黑社会组织的情报，新一谎称自己是阿笠博士的远房亲戚“江户川柯南”，在博士的帮助下成功的瞒过了小兰并且寄宿到她家——毛利侦探事务所。
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柯南、新一简介 |
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本故事真正的主角，东京市米花小学一年级学生，在缩小后不断追逐黑暗组织的足迹。现寄住在毛利家，为了得到黑暗组织的情报，他暗中帮助毛利小五郎破案，使其成了一个名侦探。而且和同学吉田布美、灰原哀、圆谷光彦和小鸠元太组成了“少年侦探团”，破获了不少案件。但缩小后身体素质缩水，必须依靠各种工具来抓捕犯人。 |
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毛利兰简介 |
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小兰是故事里的女主角，新一的青梅竹马，和新一是同班同学，对他有着超越一般朋友的感情但又不愿承认。而另一方面，由于父母分居，很早就担起理家的任务，对家事很在行。没有她，小五郎和柯南也许会饿死的。最大的愿望是父母和好。她对空手道有着浓厚的兴趣，还曾经获得东京空手道大会的冠军。 |
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毛利小五郎简介 |
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小兰的父亲，职业是侦探，推理能力奇差，自行推理出的案件约不到十件，大多都由柯南的暗示才得以破解。所以每回柯南都把他麻醉后再用他的声音揭破案件的真相，所以大家送这位毛利侦探一个“沉睡的小五郎”的名号。他原来是一名优秀的警局刑警，和目暮十三是同事，后来因为一起事件而辞职，改行当私人侦探 |
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